歴代の所長・校長・理事長
釜山高等水産学校 校長(釜山水産専門学校)
昭和16年 5月14日 田中 耕之助
第二水産講習所 所長
昭和22年 4月25日 理学博士 松生 義勝(事務取扱)
昭和22年 9月 3日 田中 耕之助
水産講習所 所長
昭和27年 4月 1日 田中 耕之助
昭和33年 4月10日 理学博士 松生 義勝
昭和38年 1月12日 農学博士 江良 至徳
水産大学校 校長
昭和38年 1月20日 農学博士 江良 至徳
昭和46年 5月15日 理学博士 松井 魁
昭和50年 5月15日 農学博士 猪野 峻
昭和56年 5月15日 農学博士 木部崎 修
昭和60年 5月 1日 農学博士 青山 恒雄
平成 3年 4月 1日 農学博士 網尾 勝
平成 5年 4月 1日 理学博士 松生 洽
平成 9年 4月 1日 農学博士 村上 正忠
平成10年10月16日 水産学博士 三本菅 善昭
独立行政法人水産大学校 理事長
平成13年 4月 1日 水産学博士 三本菅 善昭(校長事務取扱)
平成17年 4月 1日 歯学博士 藤 英俊
平成21年 4月 1日 鷲尾 圭司
独立行政法人水産大学校 校長
平成16年11月16日 水産学博士 本村 紘治郎
平成20年11月16日 農学博士 山元 憲一
平成25年 4月 1日 農学博士 濱野 明
平成27年 4月 1日 水産学博士 酒井 治己
国立研究開発法人水産研究・教育機構 理事(水産大学校代表)
平成28年 4月 1日 鷲尾 圭司
令和 2年 4月 1日 農学博士 荒井 修亮
令和 6年 4月 1日 農学博士 藤井 徹生
国立研究開発法人水産研究・教育機構 水産大学校 校長
平成28年 4月 1日 水産学博士 酒井 治己
平成31年 4月 1日 農学博士 須田 有輔
令和 4年 4月 1日 水産科学博士 下川 伸也